Dalam melaksanakan program dan kegiatan, PINUS didukung oleh mitra-mitra baik dari Lembaga donor internasional, pemerintah dan perusahaan. Adapun mitra-mitra yang telah bekerjasama dengan PINUS antara lain :
- The Asia Foundation
- Sebagai mitra utama PINUS yang telah bekerjasama sejak tahun 2009 hingga 2020. Beberapa isu yang menjadi concern PINUS didukung oleh The Asia Foundation, melalui program-program seperti : i) Civil Society Initiatives Against Poverty (CSIAP), ii) Perbaikan Iklim Usaha, iii) dan Selamatkan Hutan dan Lahan melalui Perbaikan Tata Kelola (SETAPAK).
- Partnership for Governance Reform in Indonesia (PGRI)
- Kerjasama yang dilakukan yaitu dengan membuat kajian untuk Governance Index Provinsi-provinsi di Indonesia, dimana PINUS dipercaya untuk mengkaji tingkat indeks tata Kelola di provinsi Sumsel.
- JICA
- Bersama-sama JICA yang bekerja di provinsi Sumsel, PINUS membantu Lembaga JICA untuk menghasilkan dokumen RPJMD dan KLHS provinsi Sumsel periode 2014-2019.
- Pemerintah Provinsi Sumsel
- Mendapatkan anggaran pemerintah Provinsi Sumsel, PINUS dipercaya untuk mendampingi masyarakat miskin sekitar Kawasan sungai musi. PINUS melakukan program pemberdayaan ekonomi kreatif kepada kelompok perempuan dan akses terhadap permodalan. Hingga saat ini, program terus berlanjut hingga pada Pendidikan untuk anak-anak yang juga didukung sharing professional fee dari tim PINUS.
- AQUA Danone
- Beroperasi dalam wilayah masyarakat adat di kabupaten Solok, PINUS bekerjasama mendampingi masyarakat dan perusahaan AQUA Danone dalam merumuskan nilai-nilai masyarakat adat di kabupaten Solok sebagai rekomendasi untuk perusahaan dalam operasinya.
- JOB Pertamina – Talisman
- Bekerjasama dalam merumuskan program CSR dan menentukan stakeholder serta kelompok masyarakat terkena dampak operasi, yang bertujuan agar program CSR bermanfaat bagi masyarakat terdampak.
- PT. Medco E & P
- Bekerjasama dalam menentukan program unggulan CSR yang bermanfaat bagi masyarakat, berupa penanaman padi organic di wilayah Banyuasin dan Musi Rawas, sehingga menjadi contoh pertanian organic yang berhasil.
- Ford Foundation
- Bekerjasama dalam penerapan Ecological Fiscal Transfer di 6 daerah (Aceh, Riau, Sumsel, jawa Barat, Gorontalo, dan Sulwesi Selatan. Serta membuat skema alternatif pendanaan lingkungan hidup dan penyusunan indeks tata Kelola lingkungan hidup Bersama dirjen Bina Bangda, Kemendagri.